Метро в Москве изначально проектировалось не столько в качестве транспорта, сколько в качестве бомбоубежища. Этим и объясняется постройка глубоких станций в неспокойных 30-х годах. В дальнейшем линии просто продолжали. Метро и сейчас является по сути стратегическим объектом в любом городе. Где-то, возможно, глубина объясняется объектами над линией.
во всем виноваты трубы
касаемо Москвы не стоит забывать и о пресловутом Метро-2, строительство которого было начато вместе со строительством основного метро